Колекције култура микроорганизама (гљива) служе као депои биолошкоог материјала и омогућавају чување врста и сојева који су кључни у многим активностима човека као што су индустрија, наука и образовање. Циљ колекција култура је да се кроз специфичне услове чувања омогући вијабилност култура, одржавање чистоће, геномског интегритета и одрживости сваког појединачног соја. На овај начин се задовољавају високи стандарди у чувању микрокорганизама (гљива) који су неопходни за научна истраживања.
Колекција култура лабораторије ПроФунги тренутно садржи 72 културе изоловане из плодних тела макрогљива које су највећим делом са подручја АП Војводине (Фрушка гора, Нови Сад), део култура је пореком из осталих крајева Србије (Хомољске планине, Морич планина), а мањи број култура је добијен из других земаља као резултат међународне сарадње. Такође, у колекцији постоји и 48 изолата различитих врста митоспорних гљива (плесни) изолованих из различитих супстрата (земљиште, храна, папирна грађа културног наслеђа…).