Посебан одељак Лабораторије за микологију ProFungi представља специјализовани фунгаријум – колекција преко 700 ексиката макрогљива, настала као резултат дугогодишњег истраживачког рада чланова и сарадника лабораторије. Депоновање узорака започето је деведесетих година XX века. Од 2003. године фунгаријум је званично заведен као засебан депо у оквиру међународно признате Хербаријумске колекције Универзитета у Новом Саду, ПМФ-а, Департмана за биологију и екологију (Herbarium BUNS). 2021. године на Департману је обезбеђена и посебна просторија намењена за адекватно складиштење и чување узорака гљива депонованих у фунгаријуму, која је у потпуности опремљена захваљујући подршци Покрајинског секретаријата за високо образовање и научноистраживачку делатност у оквиру пројекта „Изградња миколошких капацитета за одрживо управљање ресурсима: Фунгаријум и колекција култура“ (Конкурс за краткорочне пројекте од посебног интереса за одрживи развој у АП Војводини у 2021. години).
Збирка фунгаријума обухвата како материјал из различитих подручја Србије, тако и са ширег подручја Балкана (Босна и Херцеговина, Хрватска, Македонија, Грчка), Централне Европе (Аустрија, Словенија) и Азије (Тајланд). Најбројнији су узорци са територије Војводине, првенствено са Фрушке Горе и ширег подручја Новог Сада. Ексикати у виду осушених узорака плодних тела гљива, се чувају у за то посебно намењеној амбалажи са пратећим подацима (локалитет и датум узорковања, детерминатор, легатор, станиште, координате, шифра узорка и др.). Целокупна збирка је организована по редним бројевима, тј. шифрама под којима су узорци заведени, а на основу којих се могу пронаћи и у оквиру дигитализоване базе података, која је доступна онлајн, искључиво на упит. Фунгаријум је отворен за сва заинтересована лица у циљу научно-истраживачког рада и едукације.
Осим тога што као природњачко-музејска колекција представља значајан културно-историјски ресурс, фунгаријум има изузетну важност као извор података за таксономска, еколошка, биогеографска, генетичка и конзервациона истраживања.